Bardzo liczne i najczęściej złożone są czynniki chorobowe, doprowadzające do uszkodzenia ustroju płodu i noworodka. Ocena pierwotnych i wtórnych czynników jest często trudna. Stopień i rodzaj zmian w ustroju noworodka pozostaje w związku z: 1. czynnikiem etiologicznym, 2. momentem jego zadziałania, nasileniem i czasem trwania, 3. dojrzałością ustroju. Jeden więc czynnik etiologiczny, np. niedotlenienie, może mieć kliniczny wyraz w bardzo różnych zespołach chorobowych. Niedotlenienie w okresie życia płodowego może u noworodka wyrażać się następującymi zespołami: aspiracją wód płodowych, niewydolnością krążeniowo-oddechową, uszkodzeniem ośrodkowego układu nerwowego, zespołem wewnątrznaczyniowego wykrzepiania w następstwie okołoporodowego wstrząsu, idiopatycznym zespołem zaburzeń oddychania, zaburzeniem czynności wątroby i hiperbilirubinemią. Natomiast określony zespół kliniczny, np. niewydolność krążeniowo-oddechowa, wstrząs, zespół neurologiczny, może być wynikiem zadziałania różnych czynników etiologicznych. Nie można więc złożonych procesów etiopatogenetycznych ograniczać do kilku najczęściej wymienianych grup: niedotlenienia, zakażenia, wady rozwojowej, choroby hemolitycznej, urazu. W okresie noworodkowym ujawniają się przede wszystkim procesy chorobowe związane z: 1. patologią płodu (spowodowane nieprawidłowym przebiegiem ciąży, schorzeniami matki, dysfunkcją łożyska) lub 2. nieprawidłowym przebiegiem porodu. W pierwszych dniach życia można stwierdzać choroby, które występują również w wieku późniejszym, jednak ich klinika i przebieg różnią się bardzo u noworodka, z uwagi na specyficzną i niedojrzałą reaktywność ustroju.
