Do zakażenia może dochodzić: 1. poprzez krew — z krwi matki przez łożysko do krwi płodu, 2. drogą wstępującą — z dróg rodnych matki poprzez przerwane (czasem zachowane) błony płodowe. Do zakażenia może dojść w II okresie porodu przy przechodzeniu płodu przez kanał rodny. Obecność szczepów chorobotwórczych w pochwie matki stanowi duże niebezpieczeństwo. Do zakażeń nabytych poprzez krew należą np. kiła, gruźlica, toksoplazmoza oraz różne zakażenia wirusowe, jak choroba Heinego-Medina, różyczka, cytomegalia, zapalenie wirusowe mięśnia sercowego i mózgu itd. Do zakażenia ustroju noworodka może dochodzić po urodzeniu. W pierwszych dniach życia ochrona przed zakażeniem stanowi problem u noworodków znajdujących się w ciężkim stanie łub gdy w środowisku (w którym przebywa noworodek) znajdują się szczepy chorobotwórcze. Do najniebezpieczniejszych szczepów należą pałeczki Gram-ujemne, jak: Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae oraz chorobotwórcze szczepy gronkowców złocistych. Zasady organizacji oddziałów noworodków są podporządkowane przede wszystkim zapobieganiu zakażeniom. „Wobec małej odporności noworodka na zakażenie konieczne jest zapobieganie zakażeniom u matki w czasie opieki przedporodowej i porodu.
